molecule主命令

介绍molecule主命令的使用和参数含义

作用

设置分子类型、按晶格在给定区域内生成分子构型、设置原子类型、原子分组、原子质量等信息。

形式

molecule -style [basic|charge]
         create type single x y z
         create type regionID latticeID …
         read file
         group id region regionID
         group id union groupID1 groupID2 …
         group id subtract groupID1 groupID2 …
         group id intersect groupID1 groupID2 …
         group id if { expression }
         group delete id1 id2 ... 
         set sel selID var1 varValue1 var2 varValue2 …
         move groupID move dx dy dz
         move groupID random rx ry rz seed
         move groupID ramp d1 d1lo d1hi d2 d2lo d2hi
         move groupID rotate x0 y0 z0 rotx roty rotz

说明

  • molecule -style [basic|charge]: 设置模拟体系原子的数据类型，其中style可以取成atomic、charge分别表示模拟简单的原子体系、带有电荷的原子体系、含有原子和键角的分子体系。

  • molecule create type single x y z : 在坐标为(x,y,z)处生成一个类型为type的原子。

  • molecule create type regionID latticeID … : 在区域regionID内用latticeID生成大量的type类型的原子，对于一种晶格类型的每一个元胞可以有一个或多个基原子，可以通过basis选项来指定每个基原子的类型。

  • molecule read file : 从文件中读入原子构型数据，文件的格式要求与分子动力学软件LAMMPS一致，这样可以从分子动力学计算中向HYMACS中导入数据，值得说明的是HYMACS中没有速度项数据。

  • molecule group id … : 定义一个原子分组，id为分组名称，对原子进行分组可以方便地针对部分原子进行各种操作，但HYMACS中最多只能定义32种原子分组，不用的分组可以通过molecule group delete进行删除。

  • molecule group id region regionID: 将处在名称为regionID的区域内容的原子定义为一个分组。

  • molecule id union groupID1 groupID2 … : 定义一个新的原子分组，它是几个原子组的合集。subtract和intersect分别表示差集和交集。

  • molecule group id if { expression } : expression是原子数组变量的表达式，如果对于某一个原子，表达式为真则将其归组。

  • molecule id delete groupID1 groupID2 … : 删除原子分组。

  • molecule set sel selID var1 varValue1 var2 varValue2 … : 设置部分原子的信息。sel表示选择部分原子的方式，可采用atom, type, region, group方式，而selID则表示所选方式的对象。如果选取atom方式，则selID表示原子编号，如果选取type方式，则selID表示类型值，如果选取region方式，则selID表示区域名称。var1表示要设置的HYMACS系统变量名，变量只能是原子数组（如X[:][1]），或类型数组（如Mass），varValue1则表示设置的值。

  • molecule move groupID move dx dy dz : 将groupID组的原子三个方向分别平移dx，dy和dz大小。

  • molecule move groupID random rx ry rz seed : 将groupID组的原子在三个方向上进行大小为rx ry rz的随机扰动，seed表示随机种子。

  • molecule move groupID ramp d1 d1lo d1hi d2 d2lo d2hi : 将groupID组的原子位置进行缩放，d1表示缩放的方向，可选为x, y, z；d1lo d1hi表示缩放的最大和最小值；d2表示缩放的参考方向，可选为x, y, z；d2lo d2hi表示缩放参考的最大和最小值。例如对于命令：molecule move groupID ramp x 1 2 y 3 4，如果原子i的坐标为xi, yi, zi，则原子i将会在x方向移动，移动大小为：1 + (yi-3) / (4-3) * (2-1)。

  • molecule move groupID rotate x0 y0 z0 rotx roty rotz : 将groupID组的原子绕x0 y0 z0点在三个方向上进行大小为rotx roty rotz的旋转操作。

示例

mole  -style atomic 
mole  create 1 subBin Cu 
mole  create 2 tipBin C 
mole  set type 1 Mass 63.546 
mole  set type 2 Mass 12.0107 
mole  group subAtoms region subBin 
mole  group fixAtoms region fixBin 
mole  group actAtoms subtract subAtoms fixAtoms 
mole  group tipAtoms region tipBin

反馈留言 💬